南京航空航天大学和南京理工大学都是部属重点大学，号称国防七子，是国家211工程重点大学，又是国家双一流大学，在全国大学排名前50名，专业实力雄厚，就业前景广阔，薪酬待遇优厚。本科录取分数就很高，在江苏省稳居第三第四，录取分数几乎接近，要想考这两所大学的研究生还是有一定难度的，必须你成绩优异，基础扎实，才能有得一搏。
从考研难度来看， 南航和南理工的难度相当，都属于211中第一档次，但比最弱的985大学如东北大学和大连理工要低一些。南航的总体竞争难度比武汉理工和合工大稍微低一些，与矿大难度相当。南理工的计算可能要好考一些，复试简单一些，但计算机学院下的模式与识别专业较为强势。
具体到专业，南航在航空航天领域有着显著的优势和特色，其相关专业的研究生教育水平较高。而南理工则在理工科领域有着深厚的底蕴和实力，其研究生教育也备受认可。从招生名额和报录比来看，两个学校的情况可能会有所不同。一般来说，招生名额较多、报录比相对较低的学校，其研究生考试的竞争压力可能会相对较小一些。但这并不是绝对的，因为考生实力也是影响考试难度的关键因素。
综合来看，如果你对航空航天领域感兴趣，南航可能更适合你；如果你对理工科有浓厚的兴趣，尤其是计算机科学，南理工可能更适合你。无论选择哪所学校，都需要付出足够的努力才能成功考取。建议你可以先了解各学校的具体招生情况、专业特点以及自己的兴趣方向，再做决定。