根据提供的信息，清华大学自动化系的考研分数线如下：
对于控制科学与工程专业硕士考生，复试分数线为总分不低于389分，政治和外语单科不低于50分，数学和电路原理单科不低于80分。
对于报考电子信息专业大数据工程方向的硕士考生，总分不低于348分，政治和外语单科不低于50分，数学和电路原理单科不低于80分。
强军计划考生总分不低于300分，政治理论成绩不低于50分，外语单科不低于50分，数学和电路原理单科不低于80分。
退役大学生士兵专项计划考生，申请控制科学与工程专业的总分不低于379分，申请电子信息专业的总分不低于338分。
请注意，这些分数线可能会根据每年的报考情况和招生计划有所调整。建议关注清华大学官方网站或相关招生通知以获得最新信息