南京航空航天大学和南京理工大学都是部属重点大学，号称国防七子，是国家211工程重点大学，又是国家双一流大学，在全国大学排名前50名，专业实力雄厚，就业前景广阔，薪酬待遇优厚。本科录取分数就很高，在江苏省稳居第三第四，录取分数几乎接近，要想考这两所大学的研究生还是有一定难度的，必须你成绩优异，基础扎实，才能有得一搏。
从往年的考研难度来看， 两所学校的考研难度相当，没有明显的差距。南航的总体竞争难度比武汉理工和合工大稍微低一些，与矿大难度相当。南理工的计算可能要好考一些，复试简单一些，但南理工的强势专业如模式与识别则难度较大。
建议：
如果你对航空领域有浓厚兴趣，南航可能更适合你，因为南航在航空领域的专业实力较强，且由于航天兴趣，其名气大增。
如果你对计算机科学或相关专业有浓厚兴趣，且希望在南理工的强势专业如模式与识别等方面深造，南理工可能更适合你。
最终选择哪所学校，还需根据你的个人兴趣、专业背景和职业规划来决定。建议你可以去南京看看两所学校，进了学校门，就知道哪所学校更适合你了。