医学考研的指导思想主要包括以下几点：
辩证唯物主义世界观和方法论
学习和研究病理学必须以辩证唯物主义的世界观和方法论作为指导思想。运用其基本观点，正确地观察和分析病理学中的各种问题。例如，运用矛盾对立统一观点分析患病机体在器官水平、组织水平、细胞水平和分子水平上存在的损伤和抗损伤表现，认识损伤和抗损伤矛盾双方相互转化及其转化条件，为指导正确治疗提供理论依据。
发展的观点
运用发展的观点去动态观察、分析和理解疾病发生发展各阶段所出现的各种病理变化。疾病的发生是一个动态的过程，要了解疾病在不同阶段的特点和变化规律。
互相联系的观点
认识病理过程中形态、功能和代谢变化的内在联系及其与临床表现的关系。疾病的发生和发展不是孤立的，各种病理变化之间存在密切的联系。
内因和外因的辩证统一观点
疾病的发生是内因与外因的统一，或是内因、外因同时作用的结果。要认识到内因和外因在疾病发生中的重要作用，并理解它们之间的相互作用。
生物心理社会的新医学观
对健康和疾病的认识，要从生物的、心理的、社会的水平来综合分析和认识。人既具有自然性而又有其社会性，在健康和疾病问题上，不仅受到自然因素的影响，而且必然还受到社会和心理因素的影响。因此，必须从生物心理社会的角度来指导医疗实践，才能更有效地防治疾病，增进健康。
这些指导思想有助于医学考研的学生在学习和研究中更全面地理解病理学的基本原理和疾病的发生发展规律，从而在临床实践中更好地应用所学知识，提高诊疗水平。