制药工程考研可以选择的专业方向包括：
药学专业：
学习药学学科的基本理论和基本知识，使学生能在药品生产、检验等领域从事鉴定以及设计等工作。
化学工程与技术专业：
旨在培养化学工业领域的装置设计以及企业经营管理的方面的高素质人才。
中药学专业：
学生主要学习的是中药学的基本理论和知识，使学生具备中药鉴定、中药制备以及中药炮制的基本能力。
药物化学专业：
研究药物与机体间的相互作用规律及其作用机制，培养能在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物研究的高级专业人才。
药剂学专业：
研究药物制剂剂型的基本理论、处方设计、生产工艺、合理应用以及药物制剂剂型和药物的吸收、分布、代谢及排泄关系。
药理学专业：
研究药物与机体间相互作用规律及其药物作用机制，主要包括药效动力学和药代动力学两个方面。
药事管理专业：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理与监督。
微生物与生化药学专业：
研究微生物与生化药物的相关理论和应用。
天然药化专业：
研究天然药物的化学结构和生物活性。
发酵工程专业：
涉及生物发酵技术的应用和开发。
建议根据个人兴趣、职业规划以及就业前景来选择合适的专业方向。例如，如果希望从事药品研发和生产，药学专业和化学工程与技术专业可能是较好的选择；如果对中医药感兴趣，中药学专业则更为贴切。药理学、药剂学和药事管理专业则更适合希望从事药物研发、管理和质量控制方面工作的人才。