日本留学档案的存档方式有以下几种：
在人才交流服务中心或街道保存
这种方式较为普遍，操作简单，归国后就业手续方便。但缺点是留学期间档案空白，不算工龄，失去应届生身份，且在不同城市和地区可能会存在部分福利补贴的不同。
教育部留学服务中心留学人员档案室
所需材料：
本人护照（香港、澳门地区提交港、澳通行证）的原件、复印件；
签证（香港、澳门地区提交签注）的原件、复印件；
国外院校录取信复印件一份；
如果offer里没有入学时间及学位信息，需要提供补充材料；
已经出国留学的学生，提供录取信复印件、有效期内的“在读证明”或“学生证”复印件一份。
办理流程：
准备好上述材料后，可以登录中国留学网，进入“留学存档”栏目进行在线申请，将填写好的《存档人员登记表》用B5纸打印，携带护照、国外教育机构入学证明和已获取前往国家签证等复印件前往留学人员档案室办理即可。
户口档案留校
优点：
学校的诚信度较高，代为保管户口关系和档案，提供就业咨询、就业信息、就业指导等与落实就业单位有关的服务，且不收取额外费用，学生自由度较大，安全性高，可以以应届毕业生的身份参加公务员考试等。
缺点：
不是每个学校都有这项服务，有的学校可以免费保留一定年限（一般是两年），要上交的材料视学校具体情况而定。两年以后如果没有接收单位，档案户口就被打回原籍，学校不再为其发放就业报到证。
户籍所在地人才市场
优点：
手续非常简便，免费。留学回国的同学可以通过毕业证来证明自己应届生和留学生的身份，享受留学生优待和福利，且人才市场是正规的人事部门，有保管档案的权力。
缺点：
一般留学回国的同学最后档案都去了人才市场，但需要咨询家乡当地的接收单位，问清楚后再办理相关的手续。
交给留学服务中心保管档案
适用对象：
国内高校毕业直接出国攻读学位的留学人员（无工作经历）；
国内高校在读期间办理完毕退学手续，直接出国攻读学位的留学人员。
优点：
时间灵活，申请存档者如果已经出境，仍可把档案存放在留学人员档案室，并可委托他人代办存档手续。
缺点：
不能开具涉及人事关系的证明，且档案留校期间不能计算工龄，出国留学的档案空白（学校没有资格填写留学经历）。
建议
选择留学服务中心：如果打算回国后继续工作或需要频繁调动档案，选择教育部留学服务中心是较为稳妥的方式，虽然需要一些手续，但服务全面且可靠。
户口档案留校：适合短期内需要就业或继续深造的学生，学校提供的服务较为全面，且费用免费。
人才市场：适合希望档案留在当地，且当地有较好就业环境的学生，手续简便且费用低。
根据以上信息，建议根据个人情况和需求选择最适合自己的存档方式。