留学日本签证被拒的原因多种多样，以下是一些常见的原因：
材料作假
提供虚假的申请材料，如毕业证、成绩单等，一旦被发现，签证申请将被拒绝，且再申请将变得非常困难。
语言能力与实际能力不符合
入国管理局要求学生申请时具备初级日语能力，必须出具日语能力水平考试证明。如果申请人的实际语言能力无法达到要求，签证申请可能会被拒绝。
经济支付能力受到质疑
签证材料中体现出的经费支付者收入过低，不足以支付申请人在日本学习生活所需的费用。申请人的经济能力是审查的重点，缺乏充分的经费证明会导致签证被拒。
入国经历和在留情况
申请人有遣返经历、强制驱逐经历或过去有不良的在留情况，或者没有申报过去的入国经历，这些都会影响签证申请的结果。
申请内容不具可信度
对于过去所指出的拒签理由书既无说明，也没有证明，或者资料不具有匹配性或合理性，这些都会使签证官怀疑申请内容的真实性。
学习意志和能力不足
申请人没有充分的学习意志和能力，例如学习履历和就学理由不匹配，或者日语学习经历和证明不充分，这些都会导致签证被拒绝。
提交的资料不具有可信度
提交的材料如毕业证书、日语学时证明、亲属关系公证书等存在伪造或错误，或者资料不完整、有逻辑矛盾，这些都会影响签证申请的结果。
经费支付关系有问题
没有相关的支付证明或资料不具有匹配性，经费支付者没有合理的解释或证明其支付能力，这些都会导致签证被拒绝。
其他原因
申请人年龄与学历不匹配，或者有大龄低学历的情况，也会受到严格审查。
建议
确保材料真实性：所有申请材料必须真实可靠，不要有任何造假行为。
提高语言能力：通过日语能力水平考试，并参加语言培训课程，以提高自己的语言水平。
增强经济证明：提供充分的经费支付证明，确保有足够的资金支付在日本的学习和生活费用。
清晰阐述留学动机：在申请签证时，要详细阐述自己的留学动机和计划，使其合理可信。
了解并遵守签证政策：仔细了解日本签证的申请要求和流程，确保所有材料符合要求。
通过以上措施，可以有效降低留学日本签证被拒的风险。