初中生留学档案的存放方式有以下几种：
学校保管
如果学校提供档案保留服务，可以选择将档案留在学校，一般免费保留一至两年。
优点：学校诚信度高、安全性高，无需支付额外费用，学生可以保留应届生身份，便于参加公务员考试等。学校还提供就业咨询、就业信息、就业指导等服务。
缺点：学校一般只为毕业生保管档案两年，超过期限后档案会被打回原籍。在学校托管期间，档案不计算工龄，留学期间的档案是空白的。
人才市场存放
可以选择将档案迁至户籍所在地的人才中心，学校会通过机要方式或“邮政EMS特快专递”方式转递过去。
优点：档案和户口在同一地点，办理手续方便，且免费。
缺点：失去应届毕业生的身份，留学期间档案空白，不算工龄。
教育部留学服务中心存放
将学生档案存储在教育部的留学服务中心，即中国留学服务中心。
优点：教育部留学服务中心是教育部直属的国家级留学服务专业机构，提供全方位留学服务，档案安全性高。
缺点：需要在线申请，办理流程较为繁琐，且可能需要支付额外费用。
建议
优先考虑学校保管：如果学校提供档案保留服务，且期限为两年，这是最为方便和安全的选项。
其次选择人才市场：如果学校不提供档案保留服务，可以选择将档案存放在户籍所在地的人才市场，这样既方便又免费。
最后考虑留学服务中心：如果对档案的安全性有更高要求，且不介意办理流程的繁琐，可以选择将档案存放在教育部留学服务中心。
在做出选择时，建议提前咨询所在学校的相关政策，以确保档案的顺利存放和后续使用。