日本留学生档案的处理方式主要有以下几种：
户口档案留校
优点：学校代为保管户口关系和档案，提供就业咨询、就业信息、就业指导等服务，安全性高。
缺点：档案空白期不算工龄，毕业后无单位接收则打回原籍，学校不再发放就业报到证。
寄存到人才市场
优点：就业手续简便。
缺点：失去应届毕业生的身份，档案空白期不算工龄。
寄存到留学生服务中心
优点：教育部留学服务中心是国家级留学服务专业机构，提供全方位留学服务。
缺点：只在北京设有分支机构，其他城市无法办理。
自持留学生档案处理方法
步骤：到户口所在地的市人才中心开具接受证明，然后到留服开具报到证，带上报到证、档案、学历认证、毕业证及翻译件、成绩单及翻译件到市人才中心建档。
出国前的档案处理
如果档案在自己手里，可以存放于用人单位、人事代理机构或户籍所在地的人才中心。
所需材料：二寸彩色证件照片、国外学历学位认证书原件及复印件、国外学习成绩单原件及复印件、留学期间的护照原件及复印件、《留学回国人员证明》原件及复印件等。
回国后的档案处理
如果档案长时间在自己手里，需要先激活，然后和国外学籍材料合并后存到存档机构。
建议存在人才市场，因为留学生服务中心不保管留学生档案。
选择合适的档案处理方式时，请考虑自己的具体情况，比如是否需要保留应届生身份、是否计划在国内就业等。