日本留学中介的费用通常包括以下几个部分：
申请院校费用：
包括学费定金和申请费，通常由目标院校收取。
文书费：
中介在文书准备和申请过程中提供的指导服务费用。
签证指导费用：
帮助留学生准备签证材料并进行签证培训的费用。
其他费用：
可能包括体检费、公证费、保险费、培训费等。
中介费用一般在1万元人民币左右，但根据不同的服务类型和机构规模，费用可能会有所不同。例如，申请语言学校可能免费，而本科或研究生项目的费用可能在2万至5万元人民币之间，高端定制服务可能超过10万元人民币。
需要注意的是，除了中介费用外，留学生还需要考虑学费、住宿费、生活费等额外开销。这些费用会根据申请的大学和地区、选择的住宿条件以及个人生活方式的不同而有所变化。