日本的高等教育机构可以分为以下几种类型：
大学（本科）
学制通常为4年，但医学、口腔学和兽医学专业为6年。
大学院（研究生、博士生课程）
硕士课程学制为2年。
博士课程学制通常为5年，但医学、口腔学和兽医学博士课程在完成6年大学课程后方可升学，有的大学提供5年一贯制的博士课程或只设后期3年的博士课程。
短期大学
学制为2年或3年，专业多涉及家政、人文、教育及社会方面。
专修学校专门课程
主要传授职业教育和实际生活中必须的技术和知识，就业率相对较高。
高等专门学校
面向初中毕业生，实施5年（部分与商船相关的学科为5年6个月）的一贯制教育，旨在培养学生具备一定的职业技能。
日本著名的大学包括国立的七所帝国大学（东京大学、京都大学、东北大学、北海道大学、九州大学、大阪大学、名古屋大学）以及其他的国立大学、公立大学和私立大学。