日本留学申请学费的方法如下：
确定留学目标
明确是申请语言学校、大学本科还是研究生项目。
选择合适中介
专业中介可简化流程，提供必要的申请协助。
准备申请材料
包括学历证明、语言成绩、个人经济情况证明等。
填写申请学费减免的表格，如实填写当前的经济情况、收支情况。
提交真实的收支证明，如银行存折、打工收入证明、房租收据等。
提交教授意见书，教授需在意见书上写明评语并签字盖章。
递交申请并参加面试
语言学校可能安排面试，本科或研究生有笔试，留学中介可提供面试辅导。
办理签证
准备好相关材料办理留学签证。
抵达日本并完成入学
按时报到，办理居留卡等手续。
缴纳学费
一般在得到offer和办好签证后，通过学校的官方账户汇款支付学费。
可以在国内先换好日币，或者使用双币信用卡直接汇入人民币。
注意汇款凭证
汇款后要妥善保存凭证，在入学时可能需要用到。
以上步骤仅供参考，具体申请流程和所需材料可能因学校和项目而异，建议提前查阅目标大学的官方网站或咨询相关部门获取详细信息。