清朝留学日本的原因主要有以下几点：
政治体制相似性：
日本在明治维新后虽然逐步建立了君主立宪政体，但保留了大量的封建残余，其政治体制与清朝的君主制较为接近。这种相似性使得清朝政府认为，通过留学日本，学生可以更直接地学习到适合本国国情的西方科学技术和知识，同时避免直接接触可能威胁皇权的西方民主自由思想。
经济因素：
当时的清朝经济困顿，财政负担重。与前往欧美留学相比，去日本留学费用较低，路费和生活费都相对便宜。这使得清朝政府能够在有限的经费下派遣更多的留学生前往日本学习。
文化接近性：
日本与中国文化有着密切的联系，留学日本对于清朝学生来说在语言和生活习惯上更容易适应。这种文化上的接近性有助于学生更快地吸收所学知识，并减少文化冲突和适应困难。
科技水平：
虽然日本的科技水平在明治维新后有了显著提升，但整体上仍然落后于欧美列强。然而，对于清朝来说，日本已经能够提供一些相对先进的科学技术和知识，尤其是在军事、师范、医学等领域。
战略考虑：
在甲午中日战争后，清朝政府认识到日本在短时间内取得了显著的崛起，这对清朝是一个刺激。通过留学日本，清朝希望能够借鉴日本的改革经验，寻找救国之路。
政策推动：
清朝政府也出台了一系列政策鼓励留学日本，包括提供经费补助等，以降低留学的门槛和成本。
综上所述，清朝留学日本主要是基于政治体制的相似性、经济因素的考虑、文化接近性、科技水平的需求、战略考虑以及政策推动等多方面的原因。