处理学校扣留学籍的问题，可以采取以下步骤：
与学校沟通协商
首先，明确表达转学的意愿，并向学校提交书面申请及相关的证明材料。
在沟通过程中保持冷静和理性，尝试通过对话解决问题。
如果学校同意转学，则按照学校的约定办理学籍转移手续，并保存好所有沟通记录作为证据。
向教育部门举报
如果与学校沟通无果，可以收集充分的证据材料，例如转学申请书、学校拒绝放行学籍的书面回复等。
向当地的教育部门提交投诉，并详细说明情况。
配合教育部门的调查取证工作，争取通过行政手段解决问题。
寻求法律途径
如果问题复杂且难以通过协商或行政手段解决，可以咨询专业律师，了解诉讼风险及成本。
准备诉讼材料，包括起诉状、证据等，并向法院提起诉讼，维护自身合法权益。
在诉讼过程中，严格遵守法庭纪律和程序规定，积极举证质证。
如果法院判决支持原告诉讼请求，则按判决书执行；若不服判决，可依法提起上诉。
法律依据
根据《中小学生学籍管理办法》第十四条和第十五条，学生转学或升学时，转入学校应通过电子学籍系统启动学籍转接手续，转出学校及双方学校学籍主管部门应予以核办，并在规定时间内完成学生学籍转接。
学校违反相关规定，例如不按规定为学生转接学籍档案，由主管部门责令改正；情节严重的，依法追究校长和相关人员责任。
建议在选择处理方式时，先尝试与学校沟通协商，如果无果，再向教育部门举报，最后考虑法律途径。在整个过程中，务必保留好所有相关证据，以便在需要时能够提供有力的支持。