日本留学保证金的存款方式如下：
存款金额：
一般需要以留学者父母的名义在国内银行存入20万元人民币的3个月定期存款。
存款账户：
定期存款账户要以经费支付人的名义开户。
选择银行：
建议选择中国的大银行，如四大银行，以确保资金的安全性和可靠性。
冻结时间：
资金最好冻结半年时间，以符合日本留学签证的审批要求。
用途：
保证金不仅可以用于支付学费，还可以用于支付房费等其他相关费用。
材料真实性：
在提交相关材料时，必须保证材料的真实性，禁止作假。
入账频率：
入账频率要正常，避免因频繁存取影响保证金的冻结期。
综上所述，建议留学者父母提前准备好20万元人民币，选择一家大银行进行3个月定期存款，并确保资金冻结半年时间，以符合日本留学签证的审批要求。同时，要保证提交材料的真实性，避免作假。