根据提供的信息，留学日本核酸检测的费用存在一定的波动，具体费用取决于检测的时间、地点、检测机构以及是否需要额外的检测服务（如阴性证明书或健康证明书）。以下是一些参考信息：
在某些情况下，核酸检测费用可能高达55000日元，相当于大约3500元人民币。
在东京，检测机构对单人每次的检测费用大约在3万至4万5千日元之间，这可能包含检测费和阴性证明书发放费。
在地方城市，价格可能相对便宜，大约在1万5千至3万5千日元之间。
有报道指出，日本核酸检测费用大约为2500元人民币左右。
另外也有信息提到，某些诊所的报价可能高达4万多日元，即大约3000元人民币，而较便宜的报价大约为3万多日元，即约2000元人民币。
请注意，这些费用可能随时间和政策变化而有所调整。建议在准备留学前，通过官方渠道或当地医疗机构获取最新的核酸检测费用信息。