如果您在日本留学期间丢失了护照，需要按照以下步骤补办护照：
向中国驻日本大使馆申请
携带以下材料前往中国驻日本大使馆或领事馆：
护照及签证的复印件；
警署出具的护照遗失证明；
《在留卡》或《外国人登录证》原件及复印件；
6个月以内纯白色背景证件照2张；
《住民票》原件（市区町村役所3个月之内出具）；
遗失报告（向警察说明丢失护照的情况，填写遗失报告登记）；
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
补办流程
向警察署报告护照丢失，并取得遗失证明；
向所在地区的役所或市役所申请登录原票记载事项证明书（3个月内有效）；
在留卡丢失的情况下，需要向入国管理局申请补办；
填写并提交补办申请表格；
支付补办费用（费用可能会有所变动，请参照最新的官方信息）；
等待审批，通常需要2至3个月；
一旦护照补办完成，接到通知后，持领证单到大使馆领取新护照。
注意事项
如果您在补办护照期间需要使用护照，可以申办旅行证作为临时证件；
补办护照的费用可能会有所变动，请以大使馆提供的最新信息为准；
请确保所有文件的有效性和完整性，以免影响补办进度。
请按照上述步骤操作，如果有任何疑问，可以直接联系中国驻日本大使馆获取最新信息。