日本留学申请护照需要准备以下材料：
1. 护照申请表：填写完整的《中国公民因私出国（境）申请表》。
2. 身份证：提供本人有效居民身份证原件及复印件。
3. 户口簿：提供本人户口簿原件及复印件。
4. 照片：提供2张近期免冠彩色照片，具体要求根据各地出入境管理处的规定。
5. 监护同意书：未满16周岁的公民需要监护人的陪同，并提交监护人的同意出境意见、监护人的身份证或户口簿、护照原件及复印件。
6. 其他可能需要的材料：根据具体情况，可能还需要提供邀请函、经济担保证明、自费留学资格审核证明、宗教课程学习同意证明等。
请注意，以上信息可能随政策更新而有所变化，建议在准备材料前咨询当地公安机关出入境管理机构获取最新信息。