日本留学时，毕业证书原件是进行公证的重要文件之一，具体需要准备以下材料：
毕业证书原件：
这是公证过程中最重要的文件，用于证明其真实性和有效性。
学位证书原件 （如果适用）：对于已经毕业的学生，还需提供学位证书原件。毕业及学位取得证明书：
由毕业院校开具，概述毕业证书和学位证书的内容，并加盖学校公章。
在读证明（如果是在读学生）：由所在学校提供，包含预定毕业时间及预计取得的学位。
成绩单：
提供大学四个学年全部的成绩单（已毕业学生）或到目前为止已取得各学年的成绩单（在读学生），并加盖学校或院系的公章。
语言能力证明：
如日本语能力等级考试证书原件或日语学习能力证明书，以证明具备足够的日语水平。
其他相关文件：
可能还需要提供身份证原件及复印件、户口本原件及复印件、经费担保人的相关证明等。
请确保所有文件均为最新，并且符合日本入国管理局的要求。