日本留学的基础医学专业主要学习以下内容：
解剖学和组织学：
研究人体的分子细胞结构和遗传因子控制，以及细胞间的传达机制。
生理学：
探讨内分泌、细胞和神经回路的运作机制。
病理学：
研究疾病发生的原因、机制、发展规律，以及疾病过程中机体的形态结构、功能代谢变化和病变转归。
疾病学：
研究各种疾病的特征和治疗方法。
微生物学：
研究细菌、病毒等微生物的病原性、感染免疫、疫苗开发等。
生化学：
利用化学方法研究人体生理现象和细菌代谢。
药理学：
研究药物与生物体的相互作用，包括药物的发现、开发、作用机制等。
免疫学：
研究免疫系统的形成和维持、免疫疗法的开发、自身免疫和自然免疫等。
这些课程通常设置在医学研究科或药学研究科，有时也会分布在理学研究科和理工学研究科的生物学专攻下。基础医学专业的学生将有机会深入研究这些领域，并为未来的医学研究和临床实践打下坚实的基础。