办留学机构需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，提供课程辅导培训及留学申请服务的公司一般应当按照6%的税率缴纳增值税。
企业所得税：
依据《中华人民共和国企业所得税法》，这类公司通常需要缴纳25%的企业所得税。
分红所得税：
根据《中华人民共和国分红所得税法》，分红所得税的税率为10%。
印花税：
教育机构需要缴纳印花税。
个人所得税代扣代缴：
员工工资薪金等需要代扣代缴个人所得税。
城市维护建设税和教育费附加：
根据实际缴纳的营业税税额计算，城市维护建设税的税率分别为7%、5%、1%，教育费附加的附加率为3%。
其他可能的税种：
根据具体情况，可能还需要缴纳房产税、城镇土地使用税、耕地占用税、契税等。
建议在具体操作时，咨询当地税务部门或专业税务顾问，以确保合规并充分利用相关税收优惠政策。