留学日本时，护照有以下作用：
出入境必备文件：
护照是出入日本国境的必备证件，也是办理签证、在留资格认定书等其他相关手续的基础文件。
全球通用身份证件：
护照是公民在国外的身份证件，适用于全球多个国家和地区，方便持有者在国外进行旅行、工作、学习等活动。
免签待遇：
持有日本护照的人可以享受前往许多国家的免签待遇，根据2024年最新版全球护照实力排名，日本护照免签194个国家和地区，位于世界护照第一梯队，使得持有者几乎可以免签环游世界。
居留许可：
在留资格认定证明书是日本法务省颁发的允许入境的许可证，对于在日本长期滞留（超过3个月）的情况，必须事先取得在留资格认定书。
享受当地福利和教育资源：
对于拥有日本护照的子女，可以享受到更多的学校资源和国际学校的入学机会，同时也可以享受日本的各种社会福利。
便于国际旅行：
持有日本护照可以更方便地进行国际旅行，尤其是在需要多次出入境的情况下，护照作为重要的身份证件，可以简化很多手续。
综上所述，留学日本时，护照不仅是出入国境的必备文件，还可以提供全球通用的身份证明、免签待遇、居留许可，并有助于享受日本的教育和社会福利。建议留学生在留学前详细了解并准备好相关证件，以便更好地融入当地生活和学习。