日本留学申请过程中，纳税证明并不是所有情况下都必须提供的文件。根据提供的信息，以下是有关日本留学纳税证明的几个要点：
非必需文件：
日本入国管理局并不要求申请人（经济担保人）必须提供纳税证明。
学校要求：
某些学校或项目可能会要求提供纳税证明，特别是当经费支付人的年收入达到一定数额时（如12万元人民币以上）。
特殊情况：
如果年收入不足以支付税费，或者存在特殊情况如子女教育、房贷、赡养父母、大病医疗等扣除项，导致无法缴纳足够的税款，这种情况下可以不开具纳税证明。
替代方案：
如果无法提供纳税证明，可以尝试提供银行流水记录、存款证明、在职证明等其他财务证明文件。
注意事项：
如果学校是正规教育机构，那么缺少必要的文件可能会影响签证申请。相反，非正规学校可能对此要求不严。
重复申请：
纳税证明通常需要根据每次签证申请重新办理。
建议在准备日本留学材料时，根据具体情况向申请的学校或中介机构咨询，了解是否需要提供纳税证明以及提供哪些类型的财务证明文件。