日本留学的中介费用通常分为几个档次：
1. 免费申请语言学校：中介可以通过语言学校获得佣金。
2. 申请大学：一般费用约为1万元人民币。
3. 申请修士：通常费用约为4万元人民币，其中中介服务费约为1万元人民币，但还需额外支付约3万元人民币用于联系导师等服务，这部分费用并不归中介所有。
此外，申请日本留学还需要支付境外服务费，通常约为3万元人民币，涵盖签证办理、学校申请、住宿安排等服务。因此，整体费用可能达到约4万元人民币左右。
需要注意的是，这些费用可能因中介服务和具体项目而有所不同，建议在决定留学前详细咨询各个中介以获取最准确的信息