日本留学签证过海关的流程通常包括以下几个步骤：
检疫
在飞机内填写检疫所发的问答卷，并在起飞前30分钟交给检疫服务台。
入境审查
确认入境卡填写完整，并与护照一起出示给入境审查官。
领取手提行李
根据航班号到相应的转台领取行李，如有需要可使用行李手推车。
海关检查
若携带物品未超过免税限额，请走“绿色检查台”；
若携带物品超过免税限额或不确定，请走“红色检查台”接受检查。
出海关
在出海关时填写出境卡并出示护照。
其他注意事项
若无日元，可使用入境大厅处的兑换所；
如需乘坐公共交通，如巴士或电车，请先购票再前往乘车场。
请确保按照上述步骤操作，并注意在疫情期间可能需要额外的健康和安全检查。