本科日本留学需要考取的证书主要包括以下几类：
日语能力证书
日本语能力测试（JLPT）证书，这是全球普遍认可的日语水平测试，分为N1至N5五个等级。申请日本理工科类研究生，日语至少需要达到N2水平；申请人文类研究生则需要N1水平。
英语能力证书
托福（TOEFL）证书，这是日本留学中较为重要的英语能力测试，部分学校和专业可能只认托福成绩。建议托福成绩不低于80分，尽可能考取更高分数。
雅思（IELTS）证书，这也是日本留学中广泛认可的英语水平测试，一般要求成绩在6.0分以上。
托业（TOEIC）考试证书，虽然也有一定的认可度，但相较于托福和雅思，其在日本留学申请中的适用性较低。
毕业与学位证明
学历与学位证明，这是申请日本研究生的先决条件之一，代表学生通过本科学习所取得的资格与身份。
辅修学位证明
如果学生希望跨专业申请研究生，可以考虑辅修第二学位，以展示相关领域的知识储备。
本科绩点（GPA）
平均学分绩点（GPA）是衡量学生学习量与质的重要依据，优秀的绩点有助于在留学、保研、评奖评优等方面占得优势。
日本留学试验（EJU）
针对希望进入日本大学（本科）或短期大学、专科学校的外国学生设置的考试，包括日语、数学、理科或文科科目，是申请日本本科的重要依据之一。
大学独自入学考试
除EJU外，许多日本大学还会设有自己的入学考试，包括笔试和/或面试，旨在进一步评估学生的专业知识、研究潜力和适应能力。
专业相关证书
根据所申请的专业不同，可能还需要考取相应的专业证书，例如IT护照、社会福祉士国家試験、介护福祉士国家試験等。
综上所述，本科日本留学需要准备的证书主要包括日语能力证书、英语能力证书、毕业与学位证明、辅修学位证明、本科绩点、日本留学试验、大学独自入学考试及相关专业证书。建议学生提前规划，根据自身情况选择合适的证书进行准备。