留学日本需要办理的手续主要包括以下几个步骤：
申请入读日语学校
填写入学愿书（申请表格），可以通过居住日本的保证人或朋友代取或直接写信向学校索取。
提交必要的文件，包括入学许可书、毕业证书影印本、保证人保证书（身元保证书）、保证人的身份证或外国人登录证明书、保证人的收入证明、照片等。
申请入境签证
签证申请可以通过两种途径：一是由申请人向原居住地的日本使领馆申请；二是由保证人在日本向入国管理局申请，审批后把审批证寄回申请人，由申请人拿到当地的日本使馆签证。
所需材料包括护照或有效旅游证件、入学许可书、签证申请表、照片、家庭背景资料、教育背景资料、英语成绩证书、学习计划、财务证明等。
申请打工许可
学生如要打工，必须事先向入国管理局提出申请，办理打工许可手续。需要提交的材料包括雇用单位出具的书面材料、护照、外国人登录证等。
外国人登录
在日本居留的外国人必须到居住地的区（市）役所外国人登录课办理外国人登录手续，以获得外国人登录证。登录证必须随身携带以备检查。
延长居留期限
如果超期继续学业，需要办理申请延长居留期的手续。此手续须在当地的入国管理局办理。
更改居留资格
需提交的材料包括：在留资格更新许可申请书、申请理由书、担保人身元保证书、护照、外国人登录证、手续费等。
申请在留资格认定证明书
在留资格认定证明书是法务省颁发的允许外国人入境的许可证。一般语言学校在从日本入国管理局拿到学生的在留资格认定证明书之后，会先发来电子版，等学生缴纳学费之后，语言学校会将在留资格认定证明书原件邮寄到国内，之后可以拿着在留资格认定证明书去办理留学签证。
申请并领取签证
在留资格认定证明书获得后，申请人必须6个月内直接向日本驻华使馆申请入境签证。
在留卡
在日本预计居住超过三个月以上的外国人需要办理在留卡。在留卡相当于国内的身份证，记录着个人信息，必须随身携带。
资格外活动许可
如要在日本打工，需要申请资格外活动许可证。初次以留学目的入境时，所有机场均可申请，但再次入境时则只能在以往去过的入国管理局申请。
住址申报
在入境后的14日以内，需要尽快向所居住的市区町村提交住址申报。办理时需要携带护照、印章，学生证（如果没有，可以用入学许可书替代）。
国民健康保险
如果在日本停留超过一定期限，需要办理国民健康保险。
建议提前规划好所有手续，并确保所有材料的真实性和完整性，以便顺利完成留学日本的各项申请。