日本留学签证的办理费用如下：
单次有效签证费用：
人民币200元。
多次有效签证费用：
人民币400元。
签证签发手续费：
一次有效签证人民币200元，多次有效签证人民币400元。
加急服务费用：
根据时间紧迫程度不同而有所差异，具体费用请咨询相关机构。
其他费用：
有些特殊情况可能需要额外支付费用，比如多次往返签证、商务签证或者短期留学签证等，费用会根据签证类型的不同有所增加。此外，如果护照有效期不足6个月，可能需要提前更换新护照，这也会产生一定的费用。
建议：
第一次办理日本留学签证时，建议携带三个月的生活费，以确保留学生活顺利进行。
选择中介机构办理签证时，需注意中介费用，一般约为一万元人民币。
签证费用可能会根据汇率变化进行调整，建议在办理签证前确认最新费用。