日本留学在留资格被拒可能有以下原因：
材料真实性问题
学历、证明、身份等任何一份材料都要真实，不能发生前后矛盾的情况，要经受得住电话调查的考验。材料造假被查处的话，以后赴日留学的几率几乎为零。
经济支付能力问题
申请在留资格的材料中，经费支付者的收入证明或存款证明是很重要的一项材料，收入过低不足以支付申请人在日本学习生活所需要的费用，或者存款证明造假的都会导致拒签。
学习能力问题
学历和就学理由有冲突，学习意思和能力不能证明。例如，没有提交日语成绩，无法证明自己的日语能力。如果无高考成绩或高考成绩较低，日语能力会成为判断标准条件。
在留资格申请材料问题
提交的申请材料与事实不符，比如经费支付人没有能力支付留学费用，或者申请人提交的材料不真实或不符合逻辑。
其他原因
申请人的曾经入国经历、个人申请经历、日语水平不足、年龄偏大等也会导致在留资格被拒。
建议
对症下药：了解了自己被拒的原因后，对症下药，去申诉。佐证材料要齐全，要充分理解。
正确把握被拒的理由：日本的入国管理局都会给予被拒理由，如果不知道，去问一下给你办理在留资格申请的人。
正确理解入国管理局窗口给出的解释：如果是申请语言学校，负责的老师一般都会去窗口咨询询问原因。
再次申请：注意一下两点，一是正确把握被拒的理由，二是正确理解入国管理局窗口给出的解释。在再次申请时，对于之前入管所在意的材料进行相应的补充材料进行说明或公证。
希望这些信息对你有所帮助，祝你早日成功申请到日本留学在留资格。