持有日本护照对于留学日本的学生来说，有几个重要的作用：
出入境证明：
护照是出入国境时所需的证件，也是贴签证的载体。
居留许可：
在留资格认定书相当于居留许可，是申请签证前必须取得的，对于在日本超过3个月滞留的学生来说，这是必须的。
享受日本福利：
虽然永住者不能申请日本护照，但永住者可以享受日本大部分福利政策，包括医疗、教育等。
教育优势：
拥有日本护照的学生可能享受更多的教育资源，包括国际学校等。
全球通行：
日本护照免签194个国家和地区，持有日本护照的学生可以更加方便地环游世界。
需要注意的是，签证只是出入境的证明，而持有日本护照的学生在日本长期滞留需要办理在留资格认定书，留学签证单次入境后自动失效，在留资格和在留期间生效。