陈独秀留学日本的学校包括：
东京弘文学院：
1901年10月，陈独秀首次留学日本，进入东京弘文学院师范科学日语。
正则英语学校：
1907年春，陈独秀第四次来日留学，在神田的正则英语学校学习过两年多。
东京成城学校陆军科：
1902年，陈独秀就读于东京成城学校陆军科，与蔡锷、唐继尧等人成为校友。
仙台医学专门学校：
后来，陈独秀还进入仙台医学专门学校学习。
东京专门学校：
陈独秀的学业完成后转入东京专门学校，这所学校后来发展成为早稻田大学。
陈独秀在日本的学习经历对他的思想发展以及后续的政治活动产生了深远的影响