日本留学签证作废的流程通常包括以下几个步骤：
确认离境：
在离开日本的前一天，向宿舍或房东及学校确认离境事实，并取得“自愿离境证明书”。
外院申请：
拿到离境证明书后，需要向外国人注册处提出“外国人退去登记”申请，所需材料包括离境证明书、留日印章登记证明、通知免签等。
入国管理局申请：
外国人注册处受理后，需前往入国管理局进行销签申请，所需材料包括：在留卡、离境证明书、外国人退去登记证明书。
销签手续：
在入国管理局完成相关手续后，拿到销签批准文件，即可作废签证。
请注意，如果签证已经过期，则必须按照相关程序延长签证时间，否则会被视为非法滞留，并可能面临遣返回国的风险。如果签证过期，可以在出境时向边防人员表明不打算再回日本，并把登录卡交给边防，这样他们会在护照签证边上写上“单出”，代表签证作废。
另外，如果短期内不打算回日本但留卡仍然有效，建议在离开日本时作废留卡，这对将来再次入境日本有好处，避免留下不良记录。