如果你在日本留学期间发现自己的在留资格证已经超时，你应该及时到入国管理局申请延期。以下是具体的步骤和注意事项：
及时申请延期
如果你发现自己的在留资格证已经超过了期限，必须亲自到入国管理局申请延长期限。
延期申请得到许可后，你就可以继续在日本读书。
亲自办理
务必本人亲自去入国管理局办理延期手续。
更新证件
在延长那天开始算起的十四天以内，要到相应的政府机构办理相应证件的更新。
注意出勤率
为了避免未来出现类似问题，保持好出勤率是非常重要的。
避免超时
尽量避免超时，因为日本对留学生的工作时间有严格的法律规定。
如果已经超时，应该低调行事，并寻找合法的工作机会来维持签证。
合法打工
日本对留学生打工的时间有明确的法律限制，每周不得超过28小时。
如果被发现超时工作，可能会面临法律后果，包括被驱逐出境。
请确保遵守日本的相关法律和规定，以免影响你的留学签证和居留状态。