日本留学回国证明可以通过以下步骤进行办理：
准备所需材料
护照复印件；
毕（结）业证书、学位证书、进修或研究证明等材料的原件及复印件（日文）。
选择办理地点和时间
前往中国驻日本大使馆教育处办理，办理时间为每周一和周四的09:00—12:00，14:00—18:00，周二、周三、周五不办理。
对于远离东京或有特殊困难的人员，可以选择邮寄办理，邮寄材料需要10天左右时间。
办理流程
亲自办理：携带上述材料到中国驻日本大使馆教育处，填写相关表格并缴纳办理费用。
委托办理：若无法亲自办理，可以委托他人代办，需提供有申请人亲笔签名的委托书及相关材料。
补办流程
对于未能在回国前办理留学回国证明的人员，可以补办。补办方式同样为委托办理，所需材料与前述相同。
其他注意事项
《留学回国人员证明》作为留学经历的证明，长期有效，每留学一次只开具一份，请妥善保管。
已回国的留学人员，如果需要在国内使用相关证明，可能还需要进行公证认证。
通过以上步骤，您可以顺利完成日本留学回国证明的办理。建议提前准备好所有必需材料，并选择合适的办理时间和地点，以确保流程顺利进行。