日本留学申请护照的流程如下：
准备材料
填写完整的《中国公民出国申请审批表》一式二份，并贴上本人近期正面免冠照片。
提交与出境事由相应的证明材料，如入学通知书、邀请函等。
交验申请人居民身份证或户口簿，并提交其复印件。
未满16周岁的公民需要由其监护人陪同，并提交监护人的同意出境意见、监护人的居民身份证或户口簿及复印件。
提交2寸近期正面免冠彩色照片2张。
提交与申请事由相关的其他证明材料，如语言能力证明、资金证明等。
提交申请
申请人需向本人户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请，并回答有关询问。
填写申请表时，申请人需在公安机关出入境管理机构进行，照片也只能在那里现拍。
缴纳费用
申请护照的费用一般为200元/本。
领取护照
提交所有材料并缴纳费用后，申请人需等待一段时间领取护照。领取护照时，申请人需携带回执。
建议提前准备好所有材料，并咨询当地出入境管理部门以获取详细的申请信息和流程，以确保申请过程顺利。