日本留学读研的程序通常包括以下几个步骤：
确定研究方向和院校
明确自己的研究兴趣和专业方向。
挑选出适合自己的研究主题。
通过学校官网、教育展览会等渠道获取研究生项目信息。
准备申请材料
准备个人简历、学历证明、推荐信、研究计划书等。
确保所有文件完整且准确。
联系导师
提前联系意向院校的教授，发送套磁信，附上个人简历和研究计划书。
通过邮件与教授沟通，表达研究意向和计划。
获得内诺（导师同意）
教授如果对学生的研究计划满意，可能会给出内诺。
内诺后，根据学校要求准备出愿材料。
出愿（提交申请）
按照学校规定的出愿时间和要求，提交必要的申请材料。
办理在留资格
材料审查合格后，学校会协助办理在留资格。
学生需填写相关申请表格并准备照片等材料。
办理签证
在留资格认定书下发后，办理日本留学签证。
签证下发后，购买机票前往日本，开始研究生学习生活。
以上步骤可能因学校和专业而有所不同，具体流程和要求建议参考目标院校的招生简章或直接咨询学校相关部门。需要注意的是，申请过程可能较为复杂，建议提前至少一年开始准备，以确保有足够的时间来准备所有必要的文件和满足申请条件。