大三学生留学日本的流程如下：
提前准备阶段
确定目标：明确研究方向和目标学校，了解各学校的具体要求。
语言准备：学习日语和英语，准备日语能力测试（JLPT）或英语托福、雅思等成绩。
研究计划书：明确研究方向和目的，撰写研究计划书。
申请阶段
选择学校和专业：综合考虑各项因素，选择适合自己的学校和专业。
准备申请材料：包括个人简历、学历证明、推荐信、语言考试成绩等，并按照要求进行翻译和公证。
递交申请：按照学校的要求递交申请，并耐心等待录取通知。
签证和入境阶段
获得录取通知后：办理留学签证，通常是在日本使领馆递交签证申请，需要提供录取通知书、资金证明、健康证明等文件。
办理护照：在拿到日本国入国签证之后，可以到当地公安局出入境管理处办理出国护照。
赴日：订购飞机票，准备行李，抵达日本后办理入学手续。
入学和后续阶段
入学手续：到学校报到后，学校帮助租房和指导办理外国人登录等手续。
参加校内考试：通过笔试和面试后，等待合格放榜。
研究生入学：办理入学手续后，正式进入大学院读硕士。
建议：
提前规划好语言考试的时间，并制定合理的备考计划。
选择一家口碑好、经验丰富的留学机构，帮助准备申请材料和进行面试培训。
保持耐心和信心，及时跟进申请进度和签证办理情况。