留学签证的90天停留期通常是指签证的有效停留时间，即持证人在入境后可以在国内合法停留的时间。这个规定旨在平衡申根区国家之间的自由流动与移民管理之间的关系。以下是具体原因：
防止滥用自由流动便利：
申根区允许公民自由往来移动，但为了防止人们滥用这种自由流动的便利，特别是在短期居留方面，设定了停留时间的上限。
控制长期居留情况：
90天的上限帮助申根区掌控长期居留的情况，确保游客不会滞留过久。
避免非法滞留：
如果持证人在入境后90天内没有换取居留许可，将会变成非法滞留，这将对社会和经济秩序造成影响。
确保经济和社会秩序：
过长的停留可能会给东道国带来社会和经济压力，因此通过限制停留时间来确保这些压力处于可控范围内。
需要注意的是，这个90天规则可能会随着时间和政策的变化而有所调整，具体情况需要根据最新的签证政策和规定来确定。如果您计划前往申根区留学，建议事先了解并遵守相关签证规定