日本留学签证的护照处理情况通常如下：
签证类型：
日本留学签证通常是贴有签证标签，而不是在护照上盖章。这个标签可能是塑料材质，上面有防伪标志。
出入境章：
留学生在入境日本时需要填写入境卡，并在上面签字及盖章。同样，离境时也需要在卡片上盖上出境章。
签证办理状态：
如果签证办理不成功，日本法务省入国管理局可能会在护照最后一页盖上黑色印章，上面可能显示“受理中”、“取下”、“终止”或“拒否”等字样，以表示签证申请的状态。
请根据具体情况，对照以上信息，了解自己的日本留学签证护照上应有的印章或标签。