日本留学需要办理的证件主要包括以下几项：
护照：
这是最基本的证件，需要向公安机关申请，并携带其首页及签证、出入境记录页面的复印件。
签证：
日本使、领馆签发的签证有两种，一种是针对高等院校自费留学生的4-1-16签证，另一种是针对因语言能力不足先进入语言学校的4-1-16-3签证。
在留卡：
这是日本入国管理局发给中长期停留的外国人的证件，包含上陆许可、在留资格的变更许可、在留期间的更新许可等，需要到居住地的区市役所办理，并随身携带以备检查。
再入国许可：
如果留学生需要暂时离开日本后返回继续学业，必须办理再入国许可手续。
资格外活动许可：
如果留学生计划在留学期间打工，需要事先向入国管理局申请打工许可。
国民健康保险证：
在日本停留超过3个月的学生需要办理国民健康保险，以支付医疗费用。
学校申请表格、身份证复印件、户口本复印件、最高学历毕业证书或在读证明、成绩单、日语学习证明、经费担保人的相关证明、亲属关系公证等：
这些文件用于申请学校、办理签证等手续。
在留资格认定证明书：
这是法务省颁发的允许外国人入境的许可证，是申请留学签证的重要文件。
建议提前准备好所有必要的文件，并按照规定的程序进行申请和办理，以确保留学过程的顺利进行。