留学中介不推荐博士申请的原因主要有以下几点：
科研实力与背景
博士申请主要考查的是科研实力与背景，这主要靠平时积累。虽然留学中介可能会帮忙找科研项目或买项目经历和论文发表，但这些并不是决定性的因素，学生自身的研究能力和成果更为重要。此外，有些中介提供的项目经历或论文发表可能是通过不正当手段获得的，这种风险学生自己也能承担，无需额外支付中介费用。
研究计划书
博士的研究计划书需要体现学生的学术科研能力，这通常需要具备博士在读的科研水平才能撰写。留学中介虽然可能有写文书的人才，但大多数情况下，这些人员的能力并不足以代写高质量的研究计划书。而且，博士水准的人如果去代写赚钱，选择留学中介的可能性理论上不大。
推荐信
博士申请通常需要教授的推荐信或自荐，而留学中介在这方面的帮助有限。优秀的学生往往能够直接获得教授的推荐，而不需要通过中介。此外，有些中介可能会声称能够“花钱搞到牛推”，但实际上，真正有影响力的导师不会与留学中介合作，因为这些导师并不差钱，也不需要通过中介来寻找生源。
套磁
套磁是博士申请过程中可能涉及的一个环节，虽然有些留学中介可能在这方面提供帮助，但这并不是他们的主要优势。学生自己也可以通过邮件等方式与潜在的导师建立联系。更重要的是，中介在套磁过程中的疏忽可能会给导师留下不好的印象，反而影响申请结果。
性价比与职业道德
留学中介的博士申请费用通常较高，但全职员工中博士的比例极低，且机构抽成很大，导致每单剩余能分给职工的部分非常有限。这种情况下，博士毕业生选择去科研界或高校的性价比更高。此外，兼职博士由于时间和精力有限，很难保证文书质量，这也影响了留学中介的服务质量。
综上所述，留学中介在博士申请方面的帮助有限，且存在诸多风险。因此，个人不建议通过留学中介申请博士项目，而应该依靠自己的科研实力与成果来申请。如果担心自己科研实力不足，可以先评估自己是否适合继续攻读博士学位。