日本留学档案的存档方式有以下几种：
在人才交流服务中心或街道保存
这种方式较为普遍，操作简单，归国后就业手续方便。但缺点是留学期间档案空白，不算工龄，失去应届生身份，且在不同城市和地区可能会存在部分福利补贴的不同。
教育部留学服务中心留学人员档案室
这是教育部直属的留学服务专业机构，提供全方位的留学服务。需要准备的材料包括本人护照、签证、国外院校录取信复印件等，然后通过中国留学网的“留学存档”栏目进行在线申请，并携带相关原件和复印件前往办理。这种方式的优势在于时间灵活，即使已经出境，仍可把档案存放在留学人员档案室，并可委托他人代办存档手续。
学校保管
部分学校提供户口档案留校服务，一般免费保留一两年。优点是学校诚信度高，代为保管户口关系和档案，提供就业咨询等服务，且安全性高。缺点是留学期间档案空白，不算工龄，且毕业后档案留校只是延长了择业期，与学校没有人事隶属关系，涉及人事关系的证明都不能出具。
户籍所在地人才市场
这种方式比较常见，大部分同学的档案最终都去了人才市场。优点是手续简便且免费。缺点是留学期间档案空白，不算工龄，且会失去应届生的身份，不能参加某些要求应届生的公务员考试。
建议
如果打算回国后尽快就业或参加公务员考试，建议选择教育部留学服务中心或户籍所在地人才市场，因为这两种方式都能保持应届生的身份，并且手续相对简便。
如果留学时间较长，超过学校保管期限，建议选择教育部留学服务中心，因为该中心提供“一站式”服务，便于后续办理出国留学和留学回国工作等手续。
无论选择哪种方式，都应提前了解相关政策和手续，确保档案的安全和顺利转移。