日本留学海关检查主要包括以下几个方面：
海关申报单填写
旅客需要如实填写海关申报单，主要内容包括是否携带违禁物品、违法光盘以及是否携带超过规定数额的现金等。
行李检查
行李超出航空公司规定的免费托运范围可能需要追缴托运费。
海关有时会检查入境者是否携带假名牌产品，如发现有人带假名牌，轻则没收，重则罚款。
违禁物品检查
禁止携带的物品包括违反海关规定的物品、违法光盘、超过规定数额的现金等。
特定物品如肉制品（包括牛肉、猪肉、鸡肉及其制品）和未经检疫的动植物产品禁止入境，日本对此类物品的检查非常严格。
危险品如易爆、易燃物、化学物品、管制刀具等也禁止携带。
证件检查
出示有效护照、证件、前往国签证、出境登记卡及有关部门签发的出国证明（如资格认定书和入学通知书）。
安全检查
随身带行李需通过X光检查，本人需通过安全门检查，检查是否携带危险物品。
税关检查
领完行李后需再填写表格，进行税关检查。
建议留学生在出发前仔细了解相关规定，避免携带违禁物品，确保所有证件齐全，以顺利通过海关检查。