日本留学申请办理程序如下：
了解日本留学的条件
确定自己的留学目的和目标学校。
了解不同学校的入学要求和申请截止日期。
选学校，开始学习日语
根据自己的兴趣和专业方向选择合适的学校。
开始学习日语，并达到学校要求的日语水平（如N1或N2）。
准备日本留学申请材料
准备好所有必需的文件，如身份证复印件、户口本复印件、最终毕业学校成绩单、入学愿书、日语学习证明书、履历书、毕业证书、就学理由书等。
填写相关的申请表格，如入学愿书、履历书等。
申请学校
提交申请材料到学校，可以通过邮寄或在线申请的方式。
支付相关的申请费用。
学校面试和笔试
参加学校组织的面试和笔试，主要考察日语水平、学习态度、学习目的和动机、学习计划以及人品等。
获得入学通知书
学校对面试及笔试合格人员发放入学通知书或合格书。
日本留学签证申请
学生拿到护照后，找代办机构到日本大使馆申请办理日本入国签证。
填写签证申请表格，提交必要的证明材料，如护照、照片、学历证明、语言能力证明、经济能力证明等。
缴纳签证费用，并等待签证审批。
行前准备
购买机票，安排住宿和行李。
办理护照和其他相关证件。
赴日留学
按照学校的要求和安排，按时入学。
建议提前规划，充分准备，选择合适的学校和申请途径，以确保申请过程顺利。