日本留学经历入档案的方式如下：
存放在教育部留学服务中心
准备好所需材料，包括护照、签证、国外院校录取信复印件等。
登录中国留学网，进入“留学存档”栏目进行在线申请。
携带相关材料前往教育部留学服务中心办理存档手续。
存放在原毕业院校
部分学校提供档案留校保存服务，一般可存放1-2年，有的学校可能免费，有的需要支付保管费。
优点是安全且办理手续简单，但缺点是大部分院校不提供保管服务，留学期间档案空白，且档案存放到期后，如果没有机构接收，档案可能会退还给原籍。
存放在人才市场或人社局
毕业生可以将档案迁至户籍所在地的档案保管机构，如人才服务中心。
优点是留学期间档案和户口在一个地方，方便办理手续，但缺点是存档流程可能较为繁琐，并可能影响留学生享受应届生身份及其相关福利。
通过中介或留学机构
如果通过中介办理留学，可以委托中介将档案一并处理。
留学机构通常会有相关服务来帮助留学生处理档案问题。
注意事项：
档案一定不能放在个人手中保管。
档案存放期间可能会影响工龄计算和应届生身份的认定。
留学生回国后，需要办理国外学历学位认证，并找到工作单位后，办理《就业报到证》和《落户介绍信》。
请根据个人情况和需求选择合适的档案存放方式