清朝选择向日本派遣留学生的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治体制相似性
清朝政府认为，日本的政治体制与清朝相似，都是君主制，这使得清朝政府更容易接受从日本留学归来的学生，因为他们不会带来像西方民主思想那样的威胁。
经济因素
清朝财政困难，派遣留学生到日本比到欧美便宜得多。日本的学费和生活费用相对较低，这使得很多家庭条件有限的中国学生也能够负担得起留学费用。
地理位置优势
日本离中国较近，坐船几天就能到达，而且签证手续简单，这大大降低了留学的难度和成本。
科技水平
虽然日本在明治维新后迅速学习西方，但其科技水平已经赶上了西方列强，且日本的教育体制中保留了许多封建残余，这对清朝来说更容易接受。
文化亲近性
中日两国文化相近，留学生更容易适应日本的生活和学习环境。
政治需要
清朝政府希望通过派遣留学生学习日本的先进技术和经验，以维护自身的封建统治。同时，日本在甲午战争中的胜利也让中国认识到学习日本的紧迫性。
实用主义
清朝政府认为，学习日本可以更快地获得实用的技术和知识，而不必经过漫长的适应期。
社会舆论
在当时的社会舆论中，留学日本被视为一种捷径，许多有识之士认为通过学习日本可以找到救国之路。
综合以上因素，清朝政府最终决定大规模派遣留学生前往日本，以期望能够快速地吸收西方的科学技术和管理经验，同时避免西方民主思想对清朝统治的冲击。这一政策在清末新政期间达到了高潮，留日学生数量迅速增加，涵盖了政治、军事、师范、医学等多个领域。