三本大学毕业生留学日本的方式有以下几种：
语言学校+大学
流程：首先在国内选择一所日本的语言学校，学习1~2年的日语，并通过日本留学考试及入学考试后，进入大学学习。
优点：有缓冲期，压力较小，金钱成本较低。
缺点：教授内诺有反悔的可能性，何时能参加考试升修士要听教授决定，可控力较小。
研究生（硕士预科）+修士
流程：在国内申请日本的研究生（硕士预科），获得教授许可后，可以在校旁听相关课程。之后参加日本大学院修士入学考试，通过后顺利读修士。
优点：相对压力较小，有缓冲期。
缺点：对日语、英语、在校成绩、研究计划书等要求较高，且教授内诺有反悔的可能性。
直接申请大学
流程：部分日本大学接受国内三校生的直接申请，通过EJU考试及入学考试后即可入学。
优点：流程相对直接。
缺点：对日语、英语、在校成绩、研究计划书等要求较高，竞争激烈。
专门学校
流程：先去日本读语言学校，学习一段时间日语达标后，直接申请专门学校。
优点：课程密集，有专业师资，侧重于学生毕业后就业。
缺点：相较于本科，学历认可度可能略低。
建议
日语能力：确保至少达到N2及以上水平，以增加申请成功率和降低学习难度。
经济准备：留学费用较高，建议准备至少25万人民币用于学费和生活费。
个人能力：加强自理能力和独立学习的能力，以应对留学生活的挑战。
选择学校：根据个人兴趣和职业规划，选择合适的语言学校和大学或专门学校。
通过以上方式，三本大学毕业生也可以顺利实现留学日本的目标。建议提前规划，选择最适合自己的路径，并充分利用资源，提高申请成功率。