日本留学申请难度较高的原因可以从以下几个方面进行分析：
入境政策开放后申请人数暴增
随着入境政策的开放，申请日本留学的人数大幅增加，导致许多名校热门专业的教授每天收到大量套磁信，无法一一回复，使得一些学生收不到回信。
中介机构的介入
很多条件优秀的学生为了申请好学校和省事，会选择中介机构协助申请。同时，一些水平一般的学生也会通过中介申请。这导致教授们收到的学生申请材料质量参差不齐，进而提高了对申请者的筛选标准。
语言难度
日本的官方语言是日语，很多大学要求留学生具备一定程度的日语水平。尤其是理工科、医学、文学等领域，通常需要学生通过日语能力考试（JLPT）N2或N1级别。
严格的入学考试和审核
日本各大学的入学考试更加严格，除了统一的留学生考试（EJU）外，还有各大学的独自考试内容——校内考。这些考试不仅考察学生的学术能力，还考察其综合素质和应试能力。
研究计划书的撰写
研究计划书是申请日本研究生过程中非常重要的文件，需要学生具备扎实的学术背景和良好的学术写作能力。撰写研究计划书的难度在于它不仅需要你有扎实的学术背景，还需要具备良好的学术写作能力。
签证审查的细致性
日本入国管理局在签证审查中非常细致，需要提供详细的存款证明和资金来源证明等，这些材料需要经过严格的审核，增加了申请的难度和不确定性。
综上所述，日本留学申请难度较高的原因主要包括入境政策开放后申请人数的暴增、中介机构的介入、语言难度、严格的入学考试和审核、研究计划书的撰写以及签证审查的细致性。建议申请者在准备申请时，提前规划好时间，认真提升日语水平，并仔细撰写研究计划书，以增加申请成功的概率。