公派在职留学人员的档案存放有以下几种选择：
学校保管
部分学校提供档案留校服务，通常免费保留一两年。
如果两年后没有单位接收，档案可能会打回原籍。
适合留学时间较短的情况。
人才市场
档案由学校转递到户籍地的人才交流市场，便于将来返回当地就业时调档。
留服中心
中国（教育部）留学服务中心提供留学存档服务，可在线申请。
适合希望保留应届生身份考公的人员。
户籍所在地档案管理服务机构
根据《流动人员人事档案管理服务规定》，自费出国（境）留学的高校毕业生的人事档案可由户籍所在地档案管理服务机构保管。
选择存档方式时，应考虑个人情况和留学计划，并咨询相关机构了解具体的存档流程和条件。需要注意的是，档案一旦存入上述机构，通常不能再由个人保管，且可能需要按照相关规定和学校要求转递。