日本留学挂科后拒签的原因可能包括：
经费支付问题：
如果留学生未能证明有足够的资金或奖学金来支付在日本的学习和生活费用，这可能成为拒签的理由。
资料可信度：
提交的资料如果缺乏可信度，例如出勤率低、打工超时或不报税等问题，也可能导致签证申请被拒绝。
学习意志和能力：
如果申请者的学历背景或学习经历显示出缺乏充分的学习意志和能力，签证官可能会怀疑申请者的留学目的。
在留情况：
如果申请者在日本的在留情况不佳，例如频繁缺勤或违反规定，这也会影响签证的批准。
如果遇到挂科拒签的情况，可以尝试以下措施：
与国内教育机构联系：获取国内成绩单、毕业证和学历认证，以证明自己的学术能力。
准备充分的资金证明：确保有足够的资金或奖学金来支持在日本的学习和生活。
改善在留记录：如果在日学习期间有不良记录，需要改善这些情况以增加签证获批的可能性。
重新规划留学计划：如果情况允许，可以考虑重新规划留学计划，包括选择其他学校或课程。
请记住，每个案例的具体情况可能不同，因此建议咨询专业的留学顾问或律师以获得个性化的建议。